9月14日，海南省交通运输厅召开防御台风“山竹”动员部署会，要求全省交通运输系统提高思想认识，层层动员，认真贯彻落实交通运输部和海南省委、省政府领导指示批示精神，加强督导检查，切实落实防御责任和防御措施，严阵以待，最大限度降低灾害损失，确保人民生命财产安全。
9月15日，省交通运输厅分别派出3个督导检查组对重点市县落实防御准备工作情况进行督导检查，督促指导有关单位做好防御准备工作。根据台风动态，省交通运输厅结合行业特点，安排落实各项防御措施：一是组织公路管理系统人员对公路桥涵、排水系统和公路沿线标志标牌、广告牌、高大树木等及时清理加固，消除隐患。加强港航防御工作；二是落实客滚船和货船防风避险措施，组织航运企业抓紧抢运岛内生产生活物资，完成码头仓库及堆场的货物全部疏运任务，加固港口大型设施，做好琼州海峡停航后滞留旅客、车辆疏导工作；三是加强道路运输安全防护措施；四是加强在建交通工程防御工作，全面开展防合防汛隐患排查整改；五是确保全省公路系统费交通工程施工单位及港航系统应急准备充分，抢险队伍、机械、物资随时处于待命状态，确保一旦公路和港口发生险情，能够第一时间组织力量抢修、保通保畅。
此外，台风防御期间，省公路管理局、厅信息中心会通过互联网、交通广播等途径及时发布路网阻断信息。省公路管理局还要求各分局密切关注台风路径，科学布防，负责人要深入一线靠前指挥，突出重点防范公路树木和广告牌倒伏、防范前段时间水毁未修复路段发生次生灾害、关注漫水路段、漫水桥排水情况、加强对在建项目的督导以及关注山区公路地质灾害情况。
截止9月15日，全省公路系统筹备应急队伍74支共1336人次，自卸汽车288辆，装载机42辆，挖掘机34辆，编织袋15万个，木桩4千余立方。修剪、清理公路树木450余棵；监督相关企业对高速公路跨线桥悬挂广告牌加固45块，拆除1块。
省交建局也结合省重点公路项目建设实际，兵分三路，前往项目排查防台工作，找准薄弱环节，确保人员生命财产安全。项目临近山体、河流的驻地，要组织必须尽快转移人员。截止14日，各项目共排查安全隐患124处，其中有5处正在整改中，共转移人员410人，铺前大桥正在转移309人。
省道路运输局要求各运输企业密切关注“山竹”台风路径和天气变化，加强车辆管理，适时做好停运、停班事宜，确保人民群众生命财产安全，并要求运管机构及时启动应急预案，提前做好防台工作，组织督促道路运输企业加强应急运力和物资储备。
海南省海峡办督促各港航企业和船舶做好防台工作，在停航期间做好港口旅客和车辆的疏导和安置工作。复航后也要科学安排船舶调度，高效组织应急疏运，确保琼州海峡客滚运输安全畅通，做好复航后进岛瓜果菜车辆抢运工作。目前，该办已提前谋划部署，并加强与广东有关部门沟通联系，在复航后第一时间安排进岛瓜菜车优先进港登船，确保岛内蔬菜供应充足。